Город Тобольск был основан в июне 1587 года. Город расположен при слиянии двух полноводных рек - Иртыша и Тобола. Тобольск - один из самых живописных и красивых городов Сибири, оставляющий неизгладимое впечатление своей захватывающей панорамой и уникальными архитектурными памятниками. Красоту городу придают необычный рельеф местности, белокаменный кремль, старинные здания и храмы.
За свою более чем четырехвековую историю удостаивался он титулов, характерных только для российских столиц: «Ворота Азии», «Отец городов сибирских», «Богоспасаемый град Тоболеск», «Тобольск град царствующ Сибирь», «Тобольск - жемчужина Сибири», «Город, ангелу подобный», «Стольный град Тоболеск». На протяжении столетий он и был столицей Сибири. История Тобольска - гордость великой России, а неразрывная связь белокаменного города и сказочно неповторимого ландшафта - особый дар наших предков строить город так, что становился он частью природы, ее детищем.
Осенью 1582 года, там, где река Тобол впадает в Иртыш, казачий атаман Василий Аленин, по прозвищу Ермак, разгромил войско хана Кучума, открыв дорогу в «дальнюю заочную вотчину» - Сибирь. «Казачье вершим дело, а обернулось оно общерусским», - имел право сказать атаман. В 1587 году по указу царя Федора Иоанновича стрельцы и служилые казаки под командой воеводы Данилы Чулкова заложили на высоком берегу Иртыша город Тобольск. Уже к началу XVII века он стал главным городом Сибири, в котором обосновалось сибирское архиепископство.
С 1708 года Тобольск - административный центр Сибирской губернии, в состав которой входили Урал, Сибирь и Дальний Восток. Стольный град Сибири связал воедино духовные, культурные, просветительские и торговые пути всего российского Зауралья, будучи в то же время одним из главных религиозно-миссионерских центров России. В Тобольске веками мирно сосуществовали христиане, мусульмане, католики, иудеи, что способствовало процветанию города и оставило бесценное историческое наследие и славные духовные традиции для потомков. В городе велось собственное летописание, работала типография и в 1789г. отпечатана первая сибирская книга. В 1705 г. основан первый в Сибири церковный театр, а в 80-х годах - светский профессиональный театр. Здесь в XVIII в. открыты первые за Уралом духовная семинария, цифирная (гарнизонная) школа, главное народное училище.
Тобольск является уникальным городом-памятником каменного и деревянного зодчества Сибири. Всего в городе насчитывается более 200 памятников истории и культуры. В их числе 16 соборных, монастырских и приходских храмов. Наиболее значимым архитектурным комплексом является единственный в Сибири каменный Кремль, строительство которого начато в 1699 году по проекту и под руководством уроженца Тобольска С.У.Ремезова. Кремль строился по указу Петра I. Строительство его было вызвано стремлением обезопасить город от пожаров, периодически и беспощадно пожиравших город. Поистине жемчужиной Тобольского кремля является первый каменный храм Сибири Софийско-Успенский кафедральный собор.
В разные годы жили и трудились в Тобольске выдающиеся деятели Отечества - «сибирский Ломоносов» С. У. Ремезов, философ Ю. Крижанич, «сибирский апостол» митрополит Филофей Лещинский, историк П.А.Словцов, художник В. Г. Перов, поэт и сказочник П. П. Ершов, композитор А. А. Алябьев, ученый Д. И .Менделеев. От стен Тобольского кремля отправлялись экспедиции первопроходцев Семена Дежнева, Ерофея Хабарова, Федота Алексеева, Витуса Беринга к берегам Ледовитого и Тихого океанов, расширяя границы великой России. Путями изгнания и опалы проходили через стольный град Сибири протопоп Аввакум, Меньшиков, Остерман, Долгорукие, Бирон, Миних, Радищев, Достоевский, Короленко, Чернышевский. Особый вклад в развитие здравоохранения, образования и культуры Сибири внесли отбывавшие в Тобольске ссылку декабристы В.Кюхельбекер, А. Муравьев, И.Свистунов, И. Анненков, М. Фонвизин, А. Барятинский. Из четырнадцати сосланных в Тобольск декабристов семь остались здесь навсегда и покоятся на городском Завальном кладбище.
6 августа 1917 года в 6 часов по полудни Тобольск встречал колокольным звоном пароход, на котором прибыли в ссылку отрекшийся от престола последний Российский император Николай II и его семья. Ссыльных царственных особ поселили в губернаторском доме, расположенном недалеко от пристани. В апреле 1918 года Романовых по приказу Совнаркома и ВЦИК перевозят в Екатеринбург. И Тобольск вошел в историю как «город, не убивший царя».
В начале XX века город постепенно утрачивает свою административную значимость. Однако, занимая географическое положение на стыке южных и северных территорий Тюменского региона, на пересечении автомобильных, железнодорожных и речных путей, Тобольск фактически обеспечивает роль своеобразного социального и экономического связующего механизма для всего региона. Но главная уникальность города — бесценное историческое наследие. Культурный и духовно-нравственный потенциал Тобольска ставит его на одно из ведущих мест среди исторических городов страны. В 1994 году решением Святейшего Синода Тобольск наряду с Москвой и Санкт-Петербургом провозглашен духовным центром России и дважды был удостоен визита Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. В настоящее время Тобольск - современный город, в котором органично сочетаются памятники истории и культуры с новыми постройками. Очень колоритны и самобытны постройки нижнего города. Дома, церкви, постройки, мостовые, все в нем выполнено из дерева.
Одна из главных достопримечательностей города на Иртыше - Тобольский историко-архитектурный музей-заповедник. В его составе уникальные памятники истории, культуры и архитектуры в его экспозициях и фондах хранятся очень ценные экспонаты и документы. Тобольский краеведческий музей был создан в 1870 тоду. Его основал скромный чиновник Тобольского статистического комитета, надворный советник Иван Николаевич Юшков (1833-1877)- бескорыстный энтузиаст, знаток истории, этнографии и хозяйственного развития края. Дальнейшее развитие музея связано с именем тобольского губернатора Владимира Александровича Тройницкого. По его инициативе было построено здание музея в 1889 году. До революции Тобольский губернский музей находился под личным покровительством императора Николая II.
На сегодняшний день в состав Тобольского государственного историко-архитектурного музея – заповедника входят: Дворец наместника (экспозиция истории освоения Сибири и история Тобольской губернии) Музей духовной культуры, Тюремный замок, объекты Тобольского кремля, мемориальный кабинет-музей Николая II, Художественный музей.